ĐHQGHN xác định rõ các ưu tiên trong đầu tư, các chương trình KHCN trọng điểm; chú trọng phát triển KHCB bên cạnh đẩy mạnh nghiên cứu ứng dụng, chuyển giao; chú trọng nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực xã hội nhân văn và tư vấn chính sách; dành nguồn lực đầu tư cho các nhà khoa học trẻ và hỗ trợ công bố quốc tế; chú trọng đầu tư phát triển các nhà khoa học đầu đàn, đầu ngành thông qua việc phát triển các nhóm nghiên cứu mạnh, trung tâm xuất sắc.